北京中医药大学良乡校区位于高教园区南端，总占地面积1433亩，其中建设用地707亩，另外726亩代征用地可作为学校药用植物种植以及部分体育运动场地。

　　一期搬迁完成后，新校区将满足8100人的办学规模需求，实现基础医学院、中药学院、针灸学院、管理学院、护理学院、人文学院和国际学院等全部二级学院整体同步搬迁入驻。学校全部国家一级、二级重点学科、国家中医药管理局重点学科、教育部重点实验室、国家中医药管理局重点研究室、重点三级实验室、国家级教学基地、北京市实验教学示范中心、国家级实验教学示范中心和北京市重点学科将全部迁入新校区，新校区侧重于本科生、研究生、留学生教学和科研主体的功能定位基本实现。

　　2010年12月21日房山区人民政府与北京中医药大学签署合作协议，2011年10月30日，北京中医药大学良乡校区奠基仪式在良乡高教园区其新校址盛大举行。

　　作为中医药行业的首善院校，北京中医药大学的入驻，必将深化“区校共建”合作机制，推进双方在文化教育、医疗服务、卫生保健、创新产业等领域的合作，不断拓展新的合作空间，实现互利双赢，共同发展。